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Santé et Nutrition
Spectrométrie de masse pour les Omics (MS4Omics)
Plateforme
Notre plateforme est spécialisée en protéomique et spectrométrie de masse pour des applications en biologie et recherche clinique. En particulier, notre plateforme propose une large gamme d’analyses et une expertise de haut niveau dans les domaines de la microprotéomique, l'imagerie moléculaire par spectrométrie de masse, l'étude des interactions protéines-protéines (PPI) ainsi que la spectrométrie de masse in vivo. Nous disposons d’une grande expérience et d'instruments de dernière génération pour la préparation d'échantillons, l'analyse en imagerie par spectrométrie de masse ou protéomique spatiale et l'analyse de données. Notre plateforme est ouverte aux laboratoires académiques, cliniques et industriels, et réalise à la fois des développements méthodologiques / technologiques et des prestations.
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Michel Salzet
Responsable scientifique -
Fabrice Bray
Contact -
Isabelle Fournier
Responsable scientifique
Bât SN3 et Bât C4
Campus Cité Scientifique, Université de Lille
59655 VILLENEUVE D'ASCQ
https://laboratoire-prism.fr/index.php/platforms/clic-imaging
Chiffres clés
Nombre de projets régionaux par an = 19Nombre de projets nationaux par an = 8
Nombre de projets internationaux par an = 8
Nombre de projets industriels = 11
Participation à des projets européens = 3
Nombre d’analyses par an : 6000
Données stockées = 200 To
Effectif
Effectif total : 10
Compétences
• Protéomique spatiale
• Microprotéomique
• Omics
• Spectrométrie de masse
• Imagerie moléculaire par spectrométrie de masse
• Spectrométrie de masse in vivo
• Analyse de protéines
• Interactions protéines-protéines
Exemple(s) de projets
• Recherche de marqueurs diagnostics et pronostics du cancer du pancréas dans des modèles murins - une cartographie des lésions néoplasiques en spectrométrie de masse (MALDI-MSI) combinée à de la microprotéomique afin d’identifier de nouveaux marqueurs de progression.
• Analyse protéomique et transcriptomique comparative de l'hypertrophie des muscles squelettiques induite par la follistatine
• Analyse du microbiote local dans le cancer du sein - analyse en microprotéomique localisée sur 12 patients
• Etude protéomique de l’effet du nombre de passage cellulaire et des conditions de stimulation chez les fibroblastes primaires humains
Collaborations/Partenaires/Clients scientifiques
Université Lyon, Univ. Nice, Institut de Médecine Régénérative et Biothérapies, Montpellier, Université de Rouen, Université du Littoral, Université de Lorraine, Université de Bretagne Sud, Centre de recherche et de restauration des musées de France
Internationales :
Université de Montréal, Canada; Academy of Sciences Bratislava, Slovaquie; Università del Salento, Lecce, Italie; Univ. Mons, Belgique;
University of Florida, Etats-Unis; University of Ioannina, Grèce; Luxembourg Institute of Health, Luxembourg; University of Twente, Pays-Bas; Gent University, Belgique
Collaborations/Partenaires/Clients privés
Secteurs d'applications
- Santé / Bien-être
- Agroalimentaire
- Art / Culture
- Cosmétique
- Recherche / Science
Prestations de service
• Séparation (en gel 1D, 2D, Gel Free, 2D-DIGE, différentes chromatographies)
• Identification et la quantification relative de protéines (masse exacte, couplage HR-MS) par différentes approches non ciblées (DIA, DDA) avec (iTRAQ, SILAC, AQUA) ou sans marquage par stratégies Bottom-Up, Middle-Up/Middle-Down et Top-Down
• Quantification absolue de protéines par approches ciblées (SRM, MRM, PRM)
• Analyse de protéines intactes
• Séquençage de novo de protéines par déploiement de différentes méthodes d’activation des ions (ETC, ECD, IRMPD)
• Analyse de modifications post-traductionnelles (phosphorylation, glycosylation...) et l’accès à la mobilité ionique
• Enrichissement en phospho ou glycopeptides / protéines
• Identification de protéines par digestion enzymatique à partir d’échantillons variés (poudre, liquide, os, tissue, plasma, gel...)
• Analyse d’échantillons d’héritage culturel, d’archéologie ou paléontologie
• Analyse de lipides comme les triacylglycéroles ou de métabolomique
• Imagerie par spectrométrie de masse (métabolites, lipides, peptides, protéines) à partir de tissus congelés ou FFPE
• Protéomique spatiale (SpatiaXomics) par micro-extraction (technologie LMJ LESA)
• Traitement et interprétation des données (réseaux de protéines, GO terms)
Prestations de conseil
- pour la préparation d'échantillons (système de micronébulisation, système de microdépôt piézoélectrique, système de microextraction, système de sublimation manuel, système de démasquage des antigènes…),
- pour l'analyse protéomique et par spectrométrie de masse (système d’imagerie MALDI-TOF à haut débit, système MALDI à haute résolution spectrale, système ESI Q-Orbitrap Q-Exactive…)
- pour analyse de données (Data server, Proteome Destroyer, station de calcul avec GPU Nvidia Tesla K20c, FlexImaging 4, SCiLS Lab, logiciels de traitement de données…).
Equipements
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| MALDI-TOF | RapiFlex/ | Bruker |
| MALDI/ESI LTQ | Orbitrap XL / | Thermo Scientific |
| MALDI-TOF/TOF | Ultraflex II / 4800/ | Bruler Daltonics / Absciex |
| ESI Q-Orbitrap | Q-Exactive / Q-Exactive plus/ | Thermo Scientific |
| Nano-UHPLC | EASY-nLC 1000 / U3000 RSLC/ | Thermo Scientific |
| FT-ICR | SolariX XR 9.4 Tesla/ | Bruker |
| CZE ProteoLab | PA 800/ | Beckmann Coulter |
| Système de micronébulisation | HTX M5 Sprayer/ | HTXImaging |
| Système de microdépôt piézoélectrique | CHIP1000 / | Shimadzu |
| Système de microextraction | Triversa Nanomate LESA plus/ | Advion |
Établissements / Organismes de rattachement
Unité(s) de rattachement
Labellisations
Domaines d'activités stratégiques régionales
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