• Santé et Nutrition

Plateforme Lilloise de séquençage du génome de nouvelle génération (LIGAN-PM)

Plateforme

Description

Notre plateforme LIGAN-PM est dédiée au séquençage du génome humain et regroupe un ensemble de technologies dans le domaine du NGS (Next Generation Sequencing), capable de répondre à des projets (moyen/haut débit/très haut débit) de génotypage, de séquençage, de transcriptomique et d’analyses bio-informatiques et statistiques. Notre plateforme est dédiée à la médecine de précision. En particulier, nous utilisons des outils NGS et de génotypage pour identifier les facteurs génétiques de prédisposition au diabète et à l'obésité, afin de mieux comprendre les mécanismes d’apparition et de complications de ces pathologies, et trouver un traitement adéquat selon le patrimoine génétique de chaque patient. Ouvert aussi bien au monde industriel qu'au monde académique, nous proposons des offres de services en lien avec nos expertises. Notre laboratoire est certifié ISO15189 pour le diagnostic des diabètes et des maladies associées (obésité, maladies rénales, maladies cardiovasculaires...).

Contacts

  • Amélie BONNEFOND
    Chef d'équipe
  • Emmanuelle Durand
    Responsable technique

Informations

1 place de Verdun
EGID, Faculté de Médecine, Campus Santé, Université de Lille
59045 LILLE

http://ligan.good.cnrs.fr/

Plateforme Lilloise de séquençage du génome de nouvelle génération

Chiffres clés

• 1-2 runs de séquençage Illumina par semaine
• 50-100 projets par an
• 1,5 peta octets de stockage
• 10-20 publications par an

Effectif

Effectif total : 24

Expertises

Compétences

• Laboratoire de Biologie Médical ISO15189
• NGS (Next Generation Sequencing)
• Bioinformatique
• Extractions d'ADN et d'ARN
• Interactions ADN/protéine
• Génotypage
• Bioinformatique
• Biostatistique

Exemple(s) de projets

• Technologie CoDE-Seq (pour Copy number variation Detection and Exome sequencing) séquençage en une seule étape des mutations ponctuelles de l’ADN de tous les gènes humains, et détection très précise des anomalies chromosomiques de grande et de petite taille
• Déclaration d’invention VisuVAR (plateforme d’analyse et de visualisation des anomalies génétiques identifiées par la technologie CoDE-Seq chez les patients atteints d’une maladie rare)

Collaborations/Partenaires/Clients scientifiques

Nationaux :
AP-HP, CHU (Reims, Nantes, Poitiers, Amiens, Guadeloupe), INRA (Rennes), IFREMER, CNRS (U5554, U8727, U7144, UMR 7232, UMR 8198, UMR5244,…), INSERM (U894, U1018, U933, U1019, ...), Universités (Sorbonne, Montpellier, Aix Marseille, Amiens)

Internationaux :
Well Cornell (Qatar), Imperial College London (Royaume-Uni), UC Louvain (Belgique)

Collaborations/Partenaires/Clients privés

Genoscreen, Genes Diffusion, CIRCAGEN (UK), IMMATICS (D)

Offres de services

Secteurs d'applications

  • Santé / Bien-être

Prestations de service

Extractions
• Extractions d'ADN à partir de sang total, prélèvement salivaire, coupes de tissus
• Extractions d'ARN
Génotypage/ Expression
• Génotypage de SNP
• Expression par sondes Taqman
• Génotypage haut débit
• Expression via NCounter Nanostring
• PCR digitale

Séquençage d'ADN sur séquenceur à capillaires et séquençage NGS
• Préparation de librairies
• Librairies Ready to Load
• Séquençage d'Exome (WES) / séquençage de Génome (WGS)
• Analyse de la chromatine en 3D (HiC)
• Séquençage d'ARN (total RNA-seq, miRNA-seq, mRNA-seq)
• Re-séquençage & séquençage ciblé
• Séquençage de novo
• Séquençage mitochondrial
• Epigénétique (MethylSeq / puce de méthylation)
• Analyse des interactions ADN/protéine (ChIPseq)

Analyses Bioinformatiques et Biostatistiques
• Etude d'association pangénomique transversale et longitudinale
• Détection événements chromosomiques (mosaicisme / CNV)
• Priorisation des gènes / voies de signalisation
• Pipelines & Package

Prestations de conseil

Prestations de conseil sur l'ensemble de nos compétences

Equipements

Notre plateforme est équipé des technologies les plus performantes et innovantes dédiées au séquençage, NGS, génotypage, ddPCR, QPCR, protéomique et études d’expression :
• plateformes de séquençage de nouvelle génération (NovaSeq 6000, NextSeq 500, MiSeq, CBot – Illumina)
• appareil à ultrasons ciblées (E220 – Covaris)
• automates de pipetage (STARlet (Hamilton), Bravo Automated Liquid Handling Platform (Agilent) et Sciclone® G3 NGSx iQ™ (Perkin Elmer))
• plateforme automatisé pour la purification d’ADN et d’ARN (Chemagic Prime - Perkin Elmer)
• plateforme de quantification et l’analyse de la taille d’ADN et d’ARN
• bioanalyseur pour les contrôles qualité d’échantillon (Agilent 2100)
• scanner pour des analyses génétiques (iScan – Illumina)
• système de PCR en temps réel (Viia7 Real Time PCR System – Life Technologies)

Découvrez la liste détaillée des équipements : http://ligan.good.cnrs.fr/equipements/

Equipements

Nom Modèle Marque
Séquenceur NovaSeq 6000/ Illumina
Séquenceur NextSeq 500/ Illumina
Séquenceur MiSeq/ Illumina
Iscan et autoloader Illumina
Automate Bravo/ Agilent
Automate Sciclone G3 NGSx iQ/ Perkin Elmer
Automate STARLet/ Hamilton Robotics
Comptage d'acides nucléiques nCounter/ Nanostring Technologies
Système ultrason ciblé automatisé E220/ Covaris

Écosystème

Établissements / Organismes de rattachement

Université de Lille
CHU de Lille
Inserm
CNRS
Institut Pasteur de Lille

Unité(s) de rattachement

Groupements/Réseaux/Fédérations

France Génomique

Labellisations

IBiSA
Université de Lille

Domaines d'activités stratégiques régionales

  • Santé et Nutrition
    • Génétique, bio-marqueurs et biomolécules
    • Nouvelles approches thérapeutiques

Demande de modification

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Après avoir envoyé vos modifications, elles seront d’abord validées par l’équipe Plug in labs Hauts de France, avant d’apparaître sur la plateforme.

Thématiques

Thématiques actuelles

  • Santé et Nutrition
    • Génétique, bio-marqueurs et biomolécules
    • Nouvelles approches thérapeutiques
Titre

Contenu actuel

Plateforme Lilloise de séquençage du génome de nouvelle génération
Type

Contenu actuel

Plateforme de services
Description

Contenu actuel

Notre plateforme LIGAN-PM est dédiée au séquençage du génome humain et regroupe un ensemble de technologies dans le domaine du NGS (Next Generation Sequencing), capable de répondre à des projets (moyen/haut débit/très haut débit) de génotypage, de séquençage, de transcriptomique et d’analyses bio-informatiques et statistiques. Notre plateforme est dédiée à la médecine de précision. En particulier, nous utilisons des outils NGS et de génotypage pour identifier les facteurs génétiques de prédisposition au diabète et à l'obésité, afin de mieux comprendre les mécanismes d’apparition et de complications de ces pathologies, et trouver un traitement adéquat selon le patrimoine génétique de chaque patient. Ouvert aussi bien au monde industriel qu'au monde académique, nous proposons des offres de services en lien avec nos expertises. Notre laboratoire est certifié ISO15189 pour le diagnostic des diabètes et des maladies associées (obésité, maladies rénales, maladies cardiovasculaires...).
Infos de contact
Contact

Contenu actuel

Nom du contact Email Téléphone
BONNEFOND Amélie amelie.bonnefond@inserm.fr +33 3 74 00 81 18
DURAND Emmanuelle emmanuelle.durand@cnrs.fr (+33) 3 74 00 81 22
URL

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http://ligan.good.cnrs.fr/

Adresse

Contenu actuel

1 place de Verdun
EGID, Faculté de Médecine, Campus Santé, Université de Lille
59045 LILLE
Mots clés

Contenu actuel

ISO15189, Séquençage de nouvelle génération, Médecine personnalisée, Séquençage d'exome entier, Séquençage de génome entier, Séquençage haut débit, Séquençage ciblé, Analyse de transcriptome, Biostatistique, Bioinformatique
Nos domaines de recherche
Compétences

Contenu actuel

• Laboratoire de Biologie Médical ISO15189 • NGS (Next Generation Sequencing) • Bioinformatique • Extractions d'ADN et d'ARN • Interactions ADN/protéine • Génotypage • Bioinformatique • Biostatistique
Chiffres clés

Contenu actuel

• 1-2 runs de séquençage Illumina par semaine • 50-100 projets par an • 1,5 peta octets de stockage • 10-20 publications par an
Effectif

Contenu actuel

Effectif total : 24
Exemple(s) de projets

Contenu actuel

• Technologie CoDE-Seq (pour Copy number variation Detection and Exome sequencing) séquençage en une seule étape des mutations ponctuelles de l’ADN de tous les gènes humains, et détection très précise des anomalies chromosomiques de grande et de petite taille • Déclaration d’invention VisuVAR (plateforme d’analyse et de visualisation des anomalies génétiques identifiées par la technologie CoDE-Seq chez les patients atteints d’une maladie rare)
Exemple(s) de publications

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Collaborations/Partenaires/Clients scientifiques

Contenu actuel

Nationaux : AP-HP, CHU (Reims, Nantes, Poitiers, Amiens, Guadeloupe), INRA (Rennes), IFREMER, CNRS (U5554, U8727, U7144, UMR 7232, UMR 8198, UMR5244,…), INSERM (U894, U1018, U933, U1019, ...), Universités (Sorbonne, Montpellier, Aix Marseille, Amiens) Internationaux : Well Cornell (Qatar), Imperial College London (Royaume-Uni), UC Louvain (Belgique)
Collaborations/Partenaires/Clients privés

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Genoscreen, Genes Diffusion, CIRCAGEN (UK), IMMATICS (D)
Prestations de services
Offres de formations

Contenu actuel

Prestations de services

Contenu actuel

Extractions • Extractions d'ADN à partir de sang total, prélèvement salivaire, coupes de tissus • Extractions d'ARN Génotypage/ Expression • Génotypage de SNP • Expression par sondes Taqman • Génotypage haut débit • Expression via NCounter Nanostring • PCR digitale Séquençage d'ADN sur séquenceur à capillaires et séquençage NGS • Préparation de librairies • Librairies Ready to Load • Séquençage d'Exome (WES) / séquençage de Génome (WGS) • Analyse de la chromatine en 3D (HiC) • Séquençage d'ARN (total RNA-seq, miRNA-seq, mRNA-seq) • Re-séquençage & séquençage ciblé • Séquençage de novo • Séquençage mitochondrial • Epigénétique (MethylSeq / puce de méthylation) • Analyse des interactions ADN/protéine (ChIPseq) Analyses Bioinformatiques et Biostatistiques • Etude d'association pangénomique transversale et longitudinale • Détection événements chromosomiques (mosaicisme / CNV) • Priorisation des gènes / voies de signalisation • Pipelines & Package
Prestations de conseil

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Prestations de conseil sur l'ensemble de nos compétences
Equipements
Equipements spécifiques

Contenu actuel

  • Séquenceur
    NovaSeq 6000/ Illumina
  • Séquenceur
    NextSeq 500/ Illumina
  • Séquenceur
    MiSeq/ Illumina
  • Iscan et autoloader
    Illumina
  • Automate
    Bravo/ Agilent
  • Automate
    Sciclone G3 NGSx iQ/ Perkin Elmer
  • Automate
    STARLet/ Hamilton Robotics
  • Comptage d'acides nucléiques
    nCounter/ Nanostring Technologies
  • Système ultrason ciblé automatisé
    E220/ Covaris
Écosystème
Établissements / Organismes de rattachement

Contenu actuel

  • Université de Lille
  • CHU de Lille
  • Inserm
  • CNRS
  • Institut Pasteur de Lille
Établissement(s) partenaire(s)

Contenu actuel

Unité(s) de rattachement

Contenu actuel

  • Génomique fonctionnelle (epi)métabolique et mécanismes moléculaires impliqués dans le diabète de type 2 et les maladies associées
Groupements/Réseaux/Fédérations

Contenu actuel

France Génomique
Pôle de compétitivité

Contenu actuel

Domaines d'activités stratégiques régionales

Contenu actuel

  • Santé et Nutrition
  • Génétique, bio-marqueurs et biomolécules
  • Nouvelles approches thérapeutiques
Labellisations

Contenu actuel

  • IBiSA
  • Université de Lille
Informations personnelles
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