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Santé et Nutrition
Plateforme de génomique (GO@L)
Plateforme
Notre plateforme GO@L propose une large gamme de solutions et d'expertises dans le domaine de la génomique à moyen/haut débit. Elle comprend 2 plateaux spécialisés : le plateau "Génomique Fonctionnelle et Structurale" qui développe son expertise notamment au service de la recherche translationnelle sur les cancers, et le plateau "Transcriptomics & Applied Genomics" (TAG), spécialisé dans les applications de microbiologie. Avec une approche globale ou ciblée, nous assurons le suivi et la réalisation des projets de recherche de la qualification des échantillons, de la préparation des librairies et de leurs séquençage, jusqu’à l’analyse bioinformatique et biostatistique de ces données. Nous sommes ouverts à toutes collaborations académiques et industrielles et proposons des offres de formations et de services en lien avec nos expertises.
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Martin Figeac
Responsable technique -
David Hot
Responsable scientifique
Bâtiment C9, Avenue Mendeleiev
Campus Cité scientifique, Université de Lille
59000 VILLENEUVE D'ASCQ
https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique
Chiffres clés
• 28 projets réalisés sur 2019-2020 (pour 52 déposés)• 90% des projets en régional, 5% au national et 5% au niveau européen
• 24 publications sur 2019-2020 (dont 2 en tant que maitre d’œuvre)
• 23% de l’activité en veille technologique
Effectif
Effectif total : 10
Compétences
• Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell
• Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS
• Séquençage et re-séquençage de génomes entiers (Humains, bactéries, virus)
• Re-séquençage d’exomes (Humain) de diverses qualités (FFPE, PBMC, …)
• Séquençage ciblé (Amplicon, capture)
• Métagénomique ciblée 16S
• RNA-seq (DGE : Differential Gene Expression) et scRNA-seq
• DGE microarrays et DGE Nanostring
Exemple(s) de projets
• Etude des caractéristiques cliniques et moléculaires associées aux mutations des sites d’épissage de l’exon 14 de Met dans le cancer pulmonaire
• Recherche de profils transcriptomiques (mRNA, miRNA, lncRNA…) différentiels liés à l’environnement socio-économique chez les femmes présentant un cancer de l’ovaire séreux de haut grade
• Utilisation de la Flagelline comme adjuvent dans le traitement antibiotique des pneumopathies bactériennes
Collaborations/Partenaires/Clients scientifiques
Collaborations/Partenaires/Clients privés
Secteurs d'applications
- Santé / Bien-être
- Recherche / Science
Prestations de service
• Technologie de séquençage en adéquation avec le projet, sa complexité et en fonction du type d’échantillons
• Suivi et réalisation des projets de recherche de la qualification des échantillons, de la préparation des librairies et de leurs séquençage, jusqu’à l’analyse bioinformatique et biostatistique de ces données
De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées :
• Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne
• Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée
• Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose
Prestations de conseil
• Séquenceurs pour le WGS et le RNA-seq en reads courts et reads longs
• Microarrays pour le DGE (Differential Gene Expression)
• Equipements pour le scRNA-seq et scDNA-seq
• Serveurs/Cluster informatiques pour les analyses et le développement d’outils bioinformatiques
Equipements
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| Séquenceur pour le WGS et le RNA-seq en reads courts | MiSeq/ | Illumina |
| Séquenceur pour le séquençage en reads longs | MinIon/ | Oxford Nanopore Technologies |
| Séquenceur Ion Torrent | PGM/ | Thermo Fisher Scientific |
| Séquenceur Ion Torrent | S5/ | Thermo Fisher Scientific |
| Puce à ADN pour le DGE | Agilent Technologies | |
| Nanostring nCounter | Nanostring | |
| Chromium Single Cell pour le scRNA-seq | 10x genomics | |
| Plateforme multi-omics Tapestri pour le scDNA-seq | Mission Bio |
Établissements / Organismes de rattachement
Unité(s) de rattachement
Groupements/Réseaux/Fédérations
Labellisations
Domaines d'activités stratégiques régionales
- Santé et Nutrition
- Alimentation sûre, saine et durable
- Génétique, bio-marqueurs et biomolécules
- Médecine du futur : nouveaux équipements de santé et e-santé