• Santé et Nutrition

Génomique fonctionnelle (epi)métabolique et mécanismes moléculaires impliqués dans le diabète de type 2 et les maladies associées (EGENODIA)

Unité de recherche - UMR 8199 - U 1283

Description

Les objectifs de notre unité sont d’identifier de nouveaux gènes impliqués dans le diabète et l’obésité, et de mieux diagnostiquer les formes de diabète et obésité d’origine génétique permettant ainsi une médecine personnalisée selon le sous type génétique. L’ensemble de nos travaux a aussi pour but de mieux stratifier les facteurs de risque génétiques et environnementaux, et les causes génétiques primaires, des maladies métaboliques aux différents âges de la vie. Nous développons des concepts translationnels pour permettre des thérapies individualisées des patients obèses et des patients diabétiques. Différentes approches « multiomics » sont menées au moyen de notre plateforme de génomique unique en France LIGAN-PM (séquençage haut débit d’ADN et ARN, génotypage et analyse transcriptomique par puces à ADN, comptage moléculaire digital via la technologie NanoString).

Contacts

  • Philippe Froguel
    Direction
  • Gilles Pulvermuller

Informations

1, place de Verdun
Faculté de Médecine - Pôle Recherche, Université de Lille
59045 LILLE

http://www.good.cnrs.fr/

Effectif

Effectif total : 82

Personnel de recherche : 28

Personnel d'appui à la recherche : 40

Expertises

Compétences

• Génétique des maladies métaboliques
• Prédiction, prévention et thérapie du diabète et de l'obésité
• Thérapie personnalisée des maladies métaboliques
• Génétique et épigénétique du diabète et de l'obésité
• Bases moléculaires et modélisation du diabète et de l'obésité
• Préparation et gestion de BioBanque
• Séquençage haut débit (NGS) + analyses (bioinformatiques & biostatistiques)

Exemple(s) de projets

• ERC Reg-Seq: Functional genomics of non-coding mutations in regulatory regions of four metabolic tissues, and their involvement into type 2 diabetes through large-scale sequencing
• PreciDiab National Center for Precision Diabetic Medicine

Exemple(s) de publications

• Vaxilaire M et al. Monogenic diabetes characteristics in a transnational multicenter study from Mediterranean countries, Diabetes Res Clin Pract. 2021 Jan;171:108553. 🡭
• Bonnefond A and Froguel P., Clustering for a better prediction of type 2 diabetes mellitus, Nat Rev Endocrinol. 2021 Feb 1. 🡭
• Bonnefond A et al. Pathogenic Variants in Actionable MODY Genes are Associated With Type 2 Diabetes, Nat Metab. 2020 Oct;2(10):1126-1134. 🡭
• Baron M et al. Loss-of-Function Mutations in MRAP2 are Pathogenic in Hyperphagic Obesity with Hyperglycemia and Hypertension, Nat Med. 2019 Nov;25(11):1733-1738. 🡭
• Khamis A et al. Histone Deacetylase 9 Promoter Hypomethylation Associated with Adipocyte Dysfunction is a Statin-Related Metabolic Effect. Clin Epigenetics 2020 May 14;12(1):68. 🡭

Découvrez la liste complète des publications ici.

Collaborations/Partenaires/Clients scientifiques

Nationales :
PARCC (Université de Paris), Université de Nice, ...

Internationales :
Imperial College London (Royaume-Uni), University of Jena (Allemagne), Lund University (Suède), University of Oxford (Royaume-Uni), Harvard University (Etats-Unis), Leiden University (Pays Bas), Helmholtz Association (Allemagne), Wellcome Centre for Human Genetics (Royaume-Uni), Shriners Hospitals for Children (Etats-Unis), ...

Collaborations/Partenaires/Clients privés

Nombreuses collaborations avec l'industrie pharmaceutiques et les sociétés de biotechnologies : Sanofi, Servier, Eli Lilly, Enterome, etc.
2 RHU en cours : iMAP avec en partenaires privés ILTOO Pharma et IMMUNOTECH BECKMAN COULTER et PreciNASH avec SANOFI

Offres de services

Secteurs d'applications

  • Recherche / Science

Prestations de service

• Préparation et l’extraction d’ADN, d’ARN à partir de sang ou de tissus, de salive et de culot cellulaire
• Génotypage
• Analyse d'expression
• Séquençage NGS
• Analyse bioinformatique et statistique

Offres de formations

Master Biologie-Santé M2 - Parcours gradué «Santé de Précision»

Prestations de conseil

Prestations de conseil sur l'ensemble de nos expertises

Equipements

Matériel biologique

• Lignées cellulaires : modèles de cellules bêta murines et humaines
• Modèles murins : Knock-out spécifique au tissu, surexpression, modèle physiologique pour l'analyse des perturbations métaboliques...
• Collections biologiques : ADN de différentes cohortes de patients

Écosystème

Établissements / Organismes de rattachement

Inserm
Université de Lille
CNRS
Institut Pasteur de Lille

Établissement(s) partenaires

CHU de Lille

Groupements/Réseaux/Fédérations

PreciDIAB - Centre National de Médecine de Précision des Diabètes

Equipex/EquipEx+/ESR

Labex EGID

Écoles doctorales

446 - Biologie Santé de Lille (BSL)

Pôle de compétitivité

Santé et agroalimentaire (Nutrition-Santé-Longévité)

Domaines d'activités stratégiques régionales

  • Santé et Nutrition
    • Génétique, bio-marqueurs et biomolécules
    • Nouvelles approches thérapeutiques

Demande de modification

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Après avoir envoyé vos modifications, elles seront d’abord validées par l’équipe Plug in labs Hauts de France, avant d’apparaître sur la plateforme.

Thématiques

Thématiques actuelles

  • Santé et Nutrition
    • Génétique, bio-marqueurs et biomolécules
    • Nouvelles approches thérapeutiques
Titre

Contenu actuel

Génomique fonctionnelle (epi)métabolique et mécanismes moléculaires impliqués dans le diabète de type 2 et les maladies associées
Type

Contenu actuel

Unité de recherche
Description

Contenu actuel

Les objectifs de notre unité sont d’identifier de nouveaux gènes impliqués dans le diabète et l’obésité, et de mieux diagnostiquer les formes de diabète et obésité d’origine génétique permettant ainsi une médecine personnalisée selon le sous type génétique. L’ensemble de nos travaux a aussi pour but de mieux stratifier les facteurs de risque génétiques et environnementaux, et les causes génétiques primaires, des maladies métaboliques aux différents âges de la vie. Nous développons des concepts translationnels pour permettre des thérapies individualisées des patients obèses et des patients diabétiques. Différentes approches « multiomics » sont menées au moyen de notre plateforme de génomique unique en France LIGAN-PM (séquençage haut débit d’ADN et ARN, génotypage et analyse transcriptomique par puces à ADN, comptage moléculaire digital via la technologie NanoString).
Infos de contact
Contact

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Nom du contact Email Téléphone
FROGUEL Philippe philippe.froguel@univ-lille.fr (+33) 3 74 00 81 00
PULVERMULLER Gilles gilles.pulvermuller2@univ-lille.fr (+33) 3 74 00 80 81
URL

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http://www.good.cnrs.fr/

Adresse

Contenu actuel

1, place de Verdun
Faculté de Médecine - Pôle Recherche, Université de Lille
59045 LILLE
Mots clés

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Génétique, (Epi)génétique, Obésité, Diabète, Biologie cellulaire, Médecine personnalisée, Maladies métaboliques, Physiopathologies, Mécanismes moléculaires, Endocrinologie
Nos domaines de recherche
Compétences

Contenu actuel

• Génétique des maladies métaboliques • Prédiction, prévention et thérapie du diabète et de l'obésité • Thérapie personnalisée des maladies métaboliques • Génétique et épigénétique du diabète et de l'obésité • Bases moléculaires et modélisation du diabète et de l'obésité • Préparation et gestion de BioBanque • Séquençage haut débit (NGS) + analyses (bioinformatiques & biostatistiques)
Effectif

Contenu actuel

Nombre de chercheurs : 28
Nombre de doctorants :
Nombre de personnel d'appui à la recherche : 40
Effectif total : 82
Exemple(s) de projets

Contenu actuel

• ERC Reg-Seq: Functional genomics of non-coding mutations in regulatory regions of four metabolic tissues, and their involvement into type 2 diabetes through large-scale sequencing • PreciDiab National Center for Precision Diabetic Medicine
Exemple(s) de publications

Contenu actuel

• Vaxilaire M et al. Monogenic diabetes characteristics in a transnational multicenter study from Mediterranean countries, Diabetes Res Clin Pract. 2021 Jan;171:108553. 🡭 • Bonnefond A and Froguel P., Clustering for a better prediction of type 2 diabetes mellitus, Nat Rev Endocrinol. 2021 Feb 1. 🡭 • Bonnefond A et al. Pathogenic Variants in Actionable MODY Genes are Associated With Type 2 Diabetes, Nat Metab. 2020 Oct;2(10):1126-1134. 🡭 • Baron M et al. Loss-of-Function Mutations in MRAP2 are Pathogenic in Hyperphagic Obesity with Hyperglycemia and Hypertension, Nat Med. 2019 Nov;25(11):1733-1738. 🡭 • Khamis A et al. Histone Deacetylase 9 Promoter Hypomethylation Associated with Adipocyte Dysfunction is a Statin-Related Metabolic Effect. Clin Epigenetics 2020 May 14;12(1):68. 🡭 Découvrez la liste complète des publications ici.
Collaborations/Partenaires/Clients scientifiques

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Nationales : PARCC (Université de Paris), Université de Nice, ... Internationales : Imperial College London (Royaume-Uni), University of Jena (Allemagne), Lund University (Suède), University of Oxford (Royaume-Uni), Harvard University (Etats-Unis), Leiden University (Pays Bas), Helmholtz Association (Allemagne), Wellcome Centre for Human Genetics (Royaume-Uni), Shriners Hospitals for Children (Etats-Unis), ...
Collaborations/Partenaires/Clients privés

Contenu actuel

Nombreuses collaborations avec l'industrie pharmaceutiques et les sociétés de biotechnologies : Sanofi, Servier, Eli Lilly, Enterome, etc. 2 RHU en cours : iMAP avec en partenaires privés ILTOO Pharma et IMMUNOTECH BECKMAN COULTER et PreciNASH avec SANOFI
Prestations de services
Offres de formations

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Master Biologie-Santé M2 - Parcours gradué «Santé de Précision»
Prestations de services

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• Préparation et l’extraction d’ADN, d’ARN à partir de sang ou de tissus, de salive et de culot cellulaire • Génotypage • Analyse d'expression • Séquençage NGS • Analyse bioinformatique et statistique
Prestations de conseil

Contenu actuel

Prestations de conseil sur l'ensemble de nos expertises
Equipements
Equipements spécifiques

Contenu actuel

  • Séquenceurs haut débit et périphériques -Scanner Puces à ADN/ARN
    NovaSeq6000, 2xMiseq, NextSeq, Iseq100, HiSeq 4000, 2xHiseq 2500 & Iscan/ Illumina
  • Système Métabolisme énergétique cellulaire
    XFe24 Analyser/ Seaorse Agilent
  • Système Kinase essais
    PamStation 12/ Pamgene
  • Système Single cell et RNASeq
    ICELL8 cx Single-Cell/ TAKARA
  • Système Spectrophotomètre de Masse
    Orbitrap Exploris 240 Vanquish Duo/ Thermo Fischer
  • Scanner de Lames
    NanoZOOMER / HAMAMATSU
  • PlateFormes Robotiques
    Sciclone G3, Chemagic 2x Bravo, 2xStarlet 8…/ PerkinElmer, Agilent, Hamilton
  • Système Quantification ADN/ARN ciblés
    nCounter Analysis System/ NanoString
  • Séquenceur Sanger / RT-PCR
    3730 xl , QuantStudio 7/ Life Technologies
  • Infrastructure Serveurs de Calcul
    Serveurs GPU , Parabricks…/ DELL
Écosystème
Établissements / Organismes de rattachement

Contenu actuel

  • Inserm
  • Université de Lille
  • CNRS
  • Institut Pasteur de Lille
Établissement(s) partenaire(s)

Contenu actuel

CHU de Lille
Unité(s) de rattachement

Contenu actuel

Groupements/Réseaux/Fédérations

Contenu actuel

PreciDIAB - Centre National de Médecine de Précision des Diabètes
Écoles doctorales

Contenu actuel

446 - Biologie Santé de Lille (BSL)
Equipex/EquipEx+/ESR

Contenu actuel

Labex EGID
Pôle de compétitivité

Contenu actuel

Santé et agroalimentaire (Nutrition-Santé-Longévité)
Domaines d'activités stratégiques régionales

Contenu actuel

  • Santé et Nutrition
  • Génétique, bio-marqueurs et biomolécules
  • Nouvelles approches thérapeutiques
Informations personnelles
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